La Fondazione Carlsberg è stata istituita nel 1876, quando J.C. Jacobsen ha voluto garantire il futuro della sua azienda di birra, conferendola alla Reale Accademia Danese Scienze e Lettere. Da allora, la Fondazione Carlsberg ha controllato il Gruppo Carlsberg, assicurando il focus per l'innovazione e i prodotti di alta qualità, sostenendo la ricerca di base nell'ambito delle scienze naturali, scienze sociali e umanistiche, così come aveva voluto il suo fondatore, J.C. Jacobsen.

Da quel momento, l'Accademia è stata ed è ancora oggi un luogo di incontro per l'elite dei ricercatori danesi. La scelta di J.C. Jacobsen è stata una visione innovativa e lungimirante. La sua idea era che la Fondazione Carlsberg, con le sue basi scientifiche, avrebbe garantito, anche dopo la sua morte, che in Carlsberg sarebbero continuati gli sforzi per migliorare sempre di più la produzione di birra per creare prodotti di altissima qualità. Nel 1887 J.C. Jacobsen morì durante una visita a Roma e la Fondazione Carlsberg assunse la proprietà e la gestione della vecchia Carlsberg. Il gruppo Carlsberg è attualmente l'unico produttore di birra a livello mondiale di proprietà di una fondazione commerciale.